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世界杯袁有禄研究员团队改进高通量测序的混合分组分析法

发布时间:2022-08-17 来源 :棉花优质育种团队 访问量 : 作者: 闫浩亮
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近日,世界杯押注软件下载袁有禄研究员团队改进了挖掘数量性状位点(QTLs)常用的结合高通量测序的混合分组分析法(NGS-BSA),进一步提高了定位QTLs的分辨率和稳定性,并利用该方法成功挖掘出与陆地棉重要产量性状——衣分相关的QTLs及候选基因,为改良衣分进一步提高陆地棉产量奠定了理论基础。相关成果以“AAQSP increases mapping resolution of stable QTLs through applying NGS‑BSA in multiple genetic backgrounds”为题发表在国际知名期刊《理论和应用遗传学(Theoretical and Applied Genetics)》上(IF=5.57,农林科学1区)。

NGS-BSA是一种利用分离群体中表型差异较大的两组个体构建混池,快速定位QTLs的遗传分析方法。然而,已报道的一系列NGS-BSA主要以杂种二代群体(F2)作为作图群体,而F2的杂种优势会影响样本的准确选择和候选区间的异质性。此外,某些基因的表达稳定性也会受到遗传背景的影响。因此,仅利用单个F2作图群体进行NGS-BSA鉴定的连锁标记可能存在分辨率低、所获QTLs稳定性较差的问题,无法广泛应用于标记辅助选择和作物改良。

该研究利用陆地棉F2及其家系群体进行混合分组分析,提高了QTLs鉴定的分辨率。此外,该研究利用NGS-BSA对2个或更多的半同源F2群体所获得的候选区间进行关联,可获得稳定的QTLs,成功建立了半同源群体QTL-seq关联分析方法。利用该方法,研究人员成功鉴定到1个与陆地棉衣分显著相关的QTL,并对候选基因 GhIQD14 在双亲间的变异及其对陆地棉衣分的调控差异进行了解析。研究结果为改良陆地棉衣分提供新思路,为陆地棉纤维产量与品质的协同改良及种质创新奠定理论基础。

该项研究得到国家自然科学基金、新疆维吾尔自治区自然科学基金、财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系、新疆生产建设兵团科技人才创新计划等项目的资助。世界杯博士研究生王晓宇为论文第一作者,袁有禄研究员为通讯作者。

原文链接:https://doi.org/10.1007/s00122-022-04181-1

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半同源群体QTL-seq关联分析应用于棉花数量性状位点定位的流程


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